El término municipal de San Sebastián de los Reyes tiene una superficie de 59,24 km2, de la que el suelo urbano ocupa poco más del 25%, siendo el resto terreno rural, conformado por grandes extensiones de cultivo, principalmente cereal de secano, y varios enclaves constituidos por montes de gran valor.
Entre estos montes destacan dos, la Dehesa Boyal y el monte Coto Pesadilla, ambos integrados dentro del Parque Regional de la Cuenca Alta del Manzanares y de la Reserva de la Biosfera "Cuencas altas de los ríos Manzanares, Lozoya y Guadarrama".
También es de destacar la finca de Valdelamasa, situada al noroeste de la Dehesa Boyal, constituida por dehesas de encina con aprovechamiento cerealístico, si bien en las inmediaciones del arroyo de El Goloso que la atraviesa de Oeste a Este, aparece un monte más denso de características similares al de la Dehesa Boyal. Esta finca también está integrada en el Parque Regional y en la Reserva de la Biosfera antes citados.
Por otra parte, hay que destacar la importante red hídrica presente en el municipio, destacando el río Jarama, que discurre de Norte a Sur conformando en gran parte de su recorrido el límite municipal oriental a lo largo de más de 11 km. Aunque sus riberas han sufrido cierta degradación por el abuso industrial a que ha sido sometido este cauce fluvial, aún hoy es posible disfrutar de una vegetación muy variada y una fauna de anfibios y aves de una riqueza singular.
Al norte del municipio discurre en un tramo de 1,8 km el río Guadalix, el cual desemboca en el río Jarama al Sur de la urbanización Santo Domingo. Ambos cauces están catalogados como Zona de Especial Conservación (ZEC) "Cuenca de los ríos Jarama y Henares", lo que les confiere una protección integrada en la Red Natura 2000.
Otros cauces de menor entidad que atraviesan el municipio de Oeste a Este son el arroyo de Viñuelas, que proviene del Soto de Viñuelas y desemboca en el Jarama al Norte de la EDAR Arroyo de Quiñones, y el arroyo de Quiñones, con sus afluentes el arroyo de la Dehesa y el arroyo de Valdeconejeros, provenientes de la zona de El Goloso y que desembocan en el Jarama al Sur de la citada EDAR. Los tramos urbanos del arroyo de Valdeconejeros y de Quiñones constituyen parque lineales de gran valor y muy utilizados por la ciudadanía. Otro cauce digno de mención es el arroyo de la Vega, el cual constituye el límite Sur de San Sebastián de los Reyes y lo separa del vecino Alcobendas.
También son de destacar las rutas naturales que discurren por todo el municipio y que conectan los enclaves anteriormente citados a través de caminos y vías pecuarias.
Mención especial merecen las 3 rutas señalizadas que hacen posible el tránsito de personas a pie, en bici o a caballo, con el objetivo de posibilitar el conocimiento del territorio municipal y de los valores naturales y culturales que encierra, así como facilitar y descubrir la posible comunicación y conocimiento de otros municipios.
Ruta 1. DEHESA VIEJA - ARROYO DE QUIÑONES - RÍO JARAMA - ARROYO DE VIÑ,;UELAS
Ruta 2. PARQUE DE LOS ARROYOS - DEHESA BOYAL - TEMPRANALES
Ruta 3. COLADA DEL CAMINO DE BARAJAS A TORRELAGUNA. URBANIZACIONES